Ban đầu, mẹ của Siptah được tin là Tiaa, một thứ phi người Syria của Seti II[2]. Niềm tin này đã bị chấm dứt khi người ta phát hiện tấm bia mang số hiệu E 26901 (thuộc Bảo tàng Louvre) có ghi tên người mẹ của ông, Sutailja (hoặc Shoteraja). Sutailja là một thứ thiếp đến từ Canaan của một vị vua không rõ tên[3]. Tuy nhiên, cả Dodson và Hilton đều phủ nhận điều này, và cho ông là con của Ramesses II[4].

Người ta vẫn chưa thể xác định được cha đẻ của Siptah. Các nhà Ai Cập học nghĩ rằng, Amenmesse mới là cha của Siptah chứ không phải Seti II, bởi vì Amenmesse và Siptah đều lớn lên tại Akhmim[5] và cả hai đều không có mặt trong cảnh rước tượng của các vị vua thuộc thời kỳ Tân vương quốc (cảnh trên đền thờ của Ramesses III ở Medinet Habu). Chính vì vậy mà cả hai vị vua được cho là "những kẻ soán ngôi và vì thế mà họ là cha con với nhau"[6].

Một lý giải khác cho việc Siptah là vua không chính thống bởi các vua đời sau là vì Siptah đã yêu cầu sự trợ giúp từ Đại pháp quan Bay để bảo vệ ngai vàng của mình. Nếu Siptah thực sự là con của vua tiền nhiệm Seti II, thì do còn khá nhỏ và là con của tỳ thiếp, ông được đặt dưới sự nhiếp chính của người mẹ kế, nữ hoàng Twosret[7].

Một bức tượng không đầu của Siptah tại Munich cho thấy ông đang ngồi trên lòng một pharaon khác, có thể đoán là cha của ông.